El riñón, de forma rectangular y color rojizo, se ubica en la porción dorsal del abdomen y tiene tres lóbulos así como un conducto por el que se elimina la orina y desemboca en el urodeum de la cloaca.
La orina es el producto de la filtración de la sangre en el riñón y casi toda ella es acido úrico, producto de la metabolización de las proteínas. La filtración del riñón es una ultrafiltración que depende de la presión sanguínea y de la permeabilidad de la pared capilar. En este órgano se filtra cloruro sódico, potasio, cloruros, glucosa, creatinina y sobre todo el ya indicado acido úrico. Pero no todo es filtrado, en los tubuli se recupera agua y algunas de las sustancias antes citadas.
La orina en las aves es cremosa, viscosa y no contiene uratos por lo general. El pH es de 6,2 a 6,7. Y avanza por los uréteres gracias a ondas peristálticas saliendo al exterior mezclada con las heces (fase blanca).
Las sulfamidas utilizan el sistema excretor tubular de forma semejante al acido úrico por lo que hay que ser cuidadoso con la administración de estas si no queremos provocar lesiones renales irreversibles. Por esta razón a las sulfamidas utilizadas como coccidiostaticos (sulfaquinoxalina) se presentan acompañadas de Pirimetamina que actúa de forma sinérgica elevando la efectividad de estas sulfamidas y de esta forma se pueden bajar la dosis evitando la nefrotoxicidad.
Las infecciones de la almohadilla plantar, de la articulación del tarso de las aves y las enteritis pueden provocar lesiones renales ya que forman toxinas que lesionan el sistema de filtración. Esta es una de las razones por la que pájaros recuperados de procesos patológicos digestivos nunca recuperan su estado original, sus riñones quedan dañados y son incapaces de filtrar las toxinas y los productos del metabolismo de una forma correcta o simplemente no los filtran. Esto se puede comprobar examinando las heces en las que la fase blanca esta ausente o escasamente representada.
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